超纯水运行工艺针对不同的水质特点会采用不同的工艺。
1：采用离子交换树脂制备电子工业超纯水的传统水处理方式，其基本工艺流程为：原水→多介质过滤器→活性炭过滤器→精密过滤器→中间水箱→阳床→阴床→混床(复床)→超纯水箱→超纯水泵→后置保安过滤器→用水点
2：采用反渗透水处理设备与离子交换设备进行组合制备电子工业超纯水的方式，其基本工艺流程为：原水→多介质过滤器→活性炭过滤器→精密过滤器→中间水箱→反渗透设备→混床(复床)→超纯水箱→超纯水泵→后置保安过滤器→用水点
3：采用反渗透设备与电去离子(EDI)设备进行搭配制备电子工业超纯水的的方式，这是一种制取超纯水的工艺，也是一种环保，经济，发展潜力巨大的超纯水制备工艺，其基本工艺流程为：原水→多介质过滤器→活性炭过滤器→精密过滤器→中间水箱→反渗透设备→电去离子(EDI)→超纯水箱→超纯水泵→后置保安过滤器→用水点